Το Ανοικτό Πανεπιστήμιο Κύπρου ιδρύθηκε το 2002 με τον Νόμο Ν.234(Ι)/2002 της Κυπριακής Δημοκρατίας ως δημόσιο Ανώτατο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα με έδρα τη Λευκωσία.

Από την 1η Φεβρουαρίου 2018 το ΑΠΚΥ λειτουργεί ως αυτόνομο και αυτοδιοικούμενο πανεπιστήμιο με ανώτατα όργανα διοίκησης το Συμβούλιο και τη Σύγκλητο.

Το Συμβούλιο είναι το ανώτατο διοικητικό όργανο του Πανεπιστημίου, αρμόδιο για τη διαχείριση και τον έλεγχο των διοικητικών και οικονομικών υποθέσεων του Πανεπιστημίου και έχει τη γενική εποπτεία όλων των θεμάτων του.

Η Σύγκλητος είναι το ανώτατο ακαδημαϊκό όργανο του Πανεπιστημίου και έχει την ευθύνη του ακαδημαϊκού έργου του Πανεπιστημίου στους τομείς της διδασκαλίας και της έρευνας.

Ο Πρύτανης προΐσταται του Πανεπιστημίου, το εκπροσωπεί και το διευθύνει, έχει την ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των υπηρεσιών του και μεριμνά για την εκτέλεση αποφάσεων του Συμβουλίου και της Συγκλήτου και των Επιτροπών τους και του Πρυτανικού Συμβουλίου. Στο έργο του συνεπικουρείται από τον Αντιπρύτανη.

Ο Διευθυντής Διοίκησης και Οικονομικών ασκεί διοικητική εποπτεία, ελέγχει και συντονίζει τις Διοικητικές και Οικονομικές Υπηρεσίες του Πανεπιστημίου, είναι υπεύθυνος για την εύρυθμη λειτουργία τους στο πλαίσιο των οδηγιών και αποφάσεων του Συμβουλίου, του Πρύτανη και της Συγκλήτου και μεριμνά για την εκτέλεση των αποφάσεων του Συμβουλίου, της Συγκλήτου, καθώς και των λοιπών συλλογικών οργάνων του Πανεπιστημίου.